Ahogy azonban egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy személyében egy extraklasszis áll a csapat rendelkezésére, Sir Alex Ferguson kifejezetten az ő személyére szabta az együttes taktikáját, ami sokszor azt jelentette, hogy kötetlenül futballozhatott: a védekezés alól teljesen felmentették, és ő lett a manchesteri támadások fókusza.
Ennek megfelelően nagyon gyakran behúzódott középre, sőt, akadt rá példa, hogy kifejezetten középcsatárt játszott. Mindez főleg az előző szezon második felében volt jellemző: Ferguson nagyon sokszor választotta a háromcsatáros felállást, a támadósor közepén Cristiano játszott, az eredetileg klasszikus középcsatár Rooney pedig kihúzódott a bal szélre.
Ez volt a hadrend többek között a Bajnokok Ligája utolsó szakaszában is: az Arsenal elleni elődöntőben működött is a dolog, a fináléban az FC Barcelona ellen viszont már nem - bár az első tíz percben a manchesteriek itt is meg tudták lepni ellenfelüket. Ez a taktikai módosítás ugyanakkor nagy áldozatot kívánt Rooneytól, aki világéletében előretolt ékként játszott, és csak a támadásokkal, a gólszerzéssel kellett foglalkoznia, ezúttal viszont a védekezés is a feladata lett.
Ferguson nem véletlenül választotta Rooneyt erre a feladatra - a mester úgy vélte, hogy a rendelkezésére álló támadók közül ő a legalkalmasabb arra, hogy jól futballozzon ebben a szerepkörben.
"Vannak olyan focistáink, akik nem lennének képesek rá. De Wayne-nek megvan az erőnléte és a kitartása ahhoz, hogy a védekezésben is segítsen, ugyanakkor a támadásokból is kivegye a részét, és veszélyes legyen az ellenfél kapuját. Ráadásul azt gondolom, hogy egy csatár számára mindig kedvező, ha a szélről tud befelé törni, hiszen így több terület nyílik előtte" - nyilatkozta a skót tréner, és szavaiban sok volt az igazság.
Rooney még így is karrierje második legeredményesebb szezonját produkálta, a 2008-2009-es idényben összesen 20 alkalommal volt eredményes.
Ronaldo távozása azonban új helyzetet teremtett Manchesterben, amit a szakvezető is elismert. Ferguson tisztában volt vele, hogy egy ilyen klasszist lehetetlen egy az egyben pótolni: ugyan leigazolta a Wigan Athletic szélsőjét, Antonio Valenciát, de nyilvánvaló volt, hogy ő nem tudja átvenni a portugál szerepét, hiszen Valencia valóban klasszikus vonalszélső. A szakember már a felkészülési időszak elején kihangsúlyozta, hogy a gárda taktikája módosul, és Rooney ismét középcsatárként szerepel majd.
"Mindig a meglévő keretből kell kihozni a maximumot. Az előző idényben Wayne gyakran a balszélen játszott, de ezúttal középen kap majd szerepet" - mondta Ferguson, és szokásához híven tartotta is a szavát.
Az új idényben immár Rooney a meghatározó játékosa a manchesteri támadásoknak, amit góljainak száma is bizonyít. A csatár rögtön a Community Shielden betalált a Chelsea ellen, majd a Premier League első négy fordulójában négy gólt szerzett - és könnyen lehet, hogy ha ő végezte volna el a tizenegyest a Burnley ellen Michael Carrick helyett, akkor már öt találatnál tartanak.
Carrick kihagyta a büntetőt, és az Arsenal elleni rangadón már Rooney volt az ítélet végrehajtó (a tizenegyest egyébként ő harcolta ki), és nem is hibázott. A dolog érdekessége, hogy Rooneynak "vissza kell szoknia" ahhoz a feladathoz, amelyről korábban kifejtette, hogy a kedvence ("Mindig is mondtam, hogy legszívesebben előretolt ékként játszom, mégpedig egy másik csatárral együtt" - nyilatkozta még tavasszal): a nyitófordulóban a Birmingham City ellen a szakmai stábnak külön figyelmeztetnie kellett, hogy ne húzódjon ki a szélre.
"Jól játszott, de tudnia kell, hogy immár nem annyira előkészítőként, hanem befejezőként számítunk rá. Wayne mindig mindenhol ott akar lenni, de figyelembe kell vennie, hogy éppen mi a feladata" - mondta a meccs után a MU pályaedzője, Mike Phelan. Rooney helyzetét tovább bonyolítja, hogy bár a válogatottban mindig is középcsatárként vették számításba (az angol nemzeti tizenegy általában 4-4-2-t játszik), Fabio Capello kifejezetten kéri arra, hogy mérkőzés közben néha cseréljen pozíciót Steven Gerrarrdal, aki a középpálya bal oldalán szokott játszani.
Ráadásul ez kifejezetten jól megy nekik: "Sokat beszéltünk Stevennel, dolgoztunk rajta, és kifejezetten élvezzük ezt a taktikát" - mondta ezzel kapcsolatban a manchesteri támadó, aki Capello keze alatt ontja a gólokat. Amióta az olasz szakember ül a válogatott kispadján, Rooney tíz találatot ért el a címeres mezben, ebből nyolcat világbajnoki selejtezőn.